日常にあふれる困ったことは、実はすべて妖怪の仕業だった！？

ごくごく普通の街「さくらニュータウン」に暮らす、ごくごく普通の小学５年生「天野景太（ケータ）」は、夏休みのある日、近くの森で白い奇妙な生き物「ウィスパー」に遭遇した。
それからケータにつきまとうようになったウィスパーは、なんと妖怪だったのだ！
不思議な時計「妖怪ウォッチ」をウィスパーから渡されたケータは、その日から街のいたるところに現れる妖怪たちが見えるようになる…。
様々な妖怪が引き起こす、様々な出来事。ケータは困ったことを引き起こす妖怪を説得したり、時には戦って問題を解決し、そしてその妖怪と友達になる。

そんな、妖怪たちを見ることができる腕時計こそが、「妖怪ウォッチ」なのです。

【ストーリー】

突然消えた妖怪ウォッチを取り戻すため、向かった先は―

なんと！過去の世界！！
ある日、寝ていたケータの腕から光を放ち突然消えた妖怪ウォッチ―。
さくらニュータウンに現れた超巨大猫妖怪デカニャンから「このままでは…世界はヤツらのものにニャってしまうでふ。オラッチのともだちを助けてくれ…。」と頼まれたケータは、手がかりを探しにおばあちゃんの家があるケマモト村に向かう。
妖怪ウォッチが消えた謎、そのカギを握る妖怪フユニャンとの運命的な出会い―。

そして、妖怪ウォッチを取り戻すため、ケータとウィスパー、ジバニャンとフユニャンは、なんと６０年前の過去の世界にタイムスリップ！
そこで彼らを待ち受ける強大な敵とは！？　果たして、妖怪ウォッチの行方は！？

運命の出会い―、
そして、今はじめて明かされる、「妖怪ウォッチ」誕生の物語